Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- c -

• calculate_msvpa_predation() : predation.hpp
• calculate_msvpa_suitability() : predation.hpp
• calculate_other_food_diet_prop() : diet_data.hpp
• calculate_parametric_suitability() : predation.hpp
• calculate_ration() : bioenergetics.hpp
• calculate_recruitment() : recruitment.hpp
• calculate_selectivity() : selectivity.hpp
• calculate_temperature_function() : bioenergetics.hpp
• calculate_vulnerability() : predation.hpp
• calculate_weight() : growth.hpp
• comp_row_nll() : likelihood.hpp
• concentrated_lognormal_sd() : helper_functions.hpp
• construct_Q() : helper_functions.hpp
• convert_length_selectivity() : selectivity.hpp

- d -

• ddirmultinom() : helper_functions.hpp
• ddirmultinom_osa() : comp_osa.hpp
• dmultinom_osa() : comp_osa.hpp

- e -

• estimate_growth() : growth.hpp
• estimate_growth_within_yr() : growth.hpp

- f -

• fill_age_length_key() : growth.hpp
• first_difference() : helper_functions.hpp
• fold_comp_tails() : likelihood.hpp

- i -

• imax() : helper_functions.hpp
• isFinite() : helper_functions.hpp
• isNA() : helper_functions.hpp

- l -

• length_sd_at_age() : growth.hpp
• linkage_log_prior() : likelihood.hpp
• log_mean_exp() : helper_functions.hpp

- m -

• max2() : helper_functions.hpp

- n -

• normalize_and_project_selectivity() : selectivity.hpp

- o -

• organize_diet_obs() : diet_data.hpp
• osa_norm_cdf_terms() : comp_osa.hpp
• osa_order() : comp_osa.hpp
• osa_pbinom() : comp_osa.hpp
• osa_squeeze() : comp_osa.hpp
• osa_squeeze_cdf() : comp_osa.hpp
• osa_trunc_norm_cdf_terms() : comp_osa.hpp

- p -

• per_recruit_survivors() : spr.hpp
• posfun() : helper_functions.hpp
• predict_stomach_content() : diet_data.hpp

- r -

• rceattle_apply_growth_linkages() : linkage.hpp
• rceattle_apply_M_linkages() : linkage.hpp
• rceattle_apply_q_linkages() : linkage.hpp
• rceattle_apply_recruitment_linkages() : linkage.hpp
• rceattle_apply_sel_linkages() : linkage.hpp
• RCEATTLE_COMP_THETA_CAAL : linkage.hpp
• RCEATTLE_COMP_THETA_COMP : linkage.hpp
• RCEATTLE_COMP_THETA_DIET : linkage.hpp
• rceattle_group_slots() : linkage.hpp
• RCEATTLE_LINK_EXPONENTIAL : linkage.hpp
• RCEATTLE_LINK_IDENTITY : linkage.hpp
• RCEATTLE_LINK_LOG : linkage.hpp
• RCEATTLE_LINK_LOGIT : linkage.hpp
• RCEATTLE_N_GROWTH_PARAMS : linkage.hpp
• RCEATTLE_N_REC_PARAMS : linkage.hpp
• RCEATTLE_PROC_COMP : linkage.hpp
• RCEATTLE_PROC_GROWTH : linkage.hpp
• RCEATTLE_PROC_M : linkage.hpp
• RCEATTLE_PROC_Q : linkage.hpp
• RCEATTLE_PROC_RECRUIT : linkage.hpp
• RCEATTLE_PROC_SEL : linkage.hpp
• RCEATTLE_RE_AR1 : linkage.hpp
• rceattle_re_group_nll() : linkage.hpp
• RCEATTLE_RE_IID : linkage.hpp
• RCEATTLE_RE_RW : linkage.hpp
• RCEATTLE_REC_ALPHA : linkage.hpp
• RCEATTLE_REC_BETA : linkage.hpp
• RCEATTLE_REC_R0 : linkage.hpp
• RCEATTLE_REC_R_INIT : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_APICAL : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_ASCEND_SE : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_COFF : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_DESCEND_SE : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_DN_PEAK : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_END_LOGIT : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_INF_ASC : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_INF_DESC : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_SLP_ASC : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_SLP_DESC : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_START_LOGIT : linkage.hpp
• RCEATTLE_SEL_TOP_LOGIT : linkage.hpp
• rceattle_stratum_range() : linkage.hpp
• rdirichlet_rce() : comp_sim.hpp
• rdirmultinom_rce() : comp_sim.hpp
• rho_trans() : helper_functions.hpp
• rmultinom_rce() : comp_sim.hpp

- s -

• spawning_biomass_per_recruit() : spr.hpp
• square() : helper_functions.hpp